2001年，经过三校合并的新南京经济学院正开始大规模建设仙林新校区，时任南京经济学院副院长的刘代宁，还担任着该校仙林校区建设管理委员会主任、常务副主任这些重要职务，负责所有工程的规划和招投标工作。由于仙林校区工程量巨大，很多大型建筑公司都积极参与其中，意欲谋得一些工程。
　　2003年4月，经教育部批准，学校由南京经济学院正式更名为南京财经大学，刘代宁担任副校长，依旧负责仙林校区的建设。大权在握的刘代宁，自然成为众多建筑安装公司、绿化公司、建筑材料厂纷纷追逐的对象。
　　据南京检方审查查明，江苏某建设有限公司第三分公司经理姚某为了分得仙林校区工程的“一杯羹”，决定对刘代宁下足“猛药”：2002年春节前以及三四月间，两次分别送了5万元；　　2003年春节前以及三四月间，两次各送了10万元；2003年的中秋节前又送了10万元，刘代宁都笑纳了。不久后，姚某又向他进贡了10万元，这一次刘代宁同样没有拒绝。
　　记者发现，刘代宁被指控的绝大多数受贿记录，时间均发生在春节前、中秋节前、端午节前，其中最典型的就是南京某建筑安装工程公司第九分公司项目经理李某逢年过节，都会到刘代宁家“拜访”。检方查明，刘代宁先后10次收受李某人民币14万元、价值2000元的超市购物券、1部高档手机。综观刘代宁被指控的受贿数额，大到一次10万元，小到一次1000元，刘代宁在3年间不费吹灰之力，就成为百万富翁。记者细数了刘代宁被检方查明收受贿赂的次数，竟高达78次。据检方指控，2001年春节前至2004年3月间，被告人刘代宁利用担任南京经济学院副院长、兼该校仙林校区建设管理委员会主任、常务副主任等职务便利，为江苏某建设有限公司等单位在承揽工程、追加工程量、结算工程款等方面谋取利益，多次收受28人财物共计人民币161.7万多元、3000元美金、价值2000元的超市购物券、价值3150元的鱼缸、1根50克金条、1部索尼摄像机、3只国际名表、1部高档手机、2幅字画。
　　2004年4月底，刘代宁被监视居住，5月25日被刑事拘留，6月4日被批准逮捕。就在被监视居住的那个月初，刘代宁明显感觉到压力越来越大，于是他为了掩盖涉嫌犯罪的事实，将上述收受赃款中的89万元分别退还给行贿人。据悉，被告人刘代宁归案后，主动交代了司法机关当时尚未掌握的大部分受贿犯罪事实，刘代宁接下去将面对人民法院的审判。
　　据悉，南京高校职务犯罪的数量逐年攀升，高校职务犯罪呈现显著特点：一是大要案多。二是窝串案较集中，涉及人员多。三是领导干部集体腐败。四是案发部位相对集中，多数案件发案部位集中在基建、财务、物资采购、成教等部门。南京检方从司法实践角度曾提出如下预防建议：一、尽快完善招生费用的有效管理机制；二、加强财务管理，规范财务制度；三、对财务、基建、采购等重要岗位人员要实行定期交流和轮岗制；四、严格审计监督制度；五、全面推行“校务公开制度”。